Im Jahre 1922 hatten Fluorner Bürger zum ersten Mal Kontakt mit der neuapostolischen Kirche. Eine Mutter mit ihren sieben Kindern besuchte die Gottesdienste in der Gemeinde Rötenbach. Bereits im Jahre 1923 wurden sie neuapostolisch. Ein Jahr später schloß sich auch der Familienvater der neuapostolischen Kirche an. Ab dem Jahre 1925 fanden die ersten Gottesdienste in Fluorn in den Räumlichkeiten (Häfnerhütte) der oben erwähnten Familie statt. Die Mitgliederzahl wuchs rasch an. Deshalb zogen sie zwei Jahre später in ein größeres Haus in der Kapfstraße. Schon 1928 konnte ein Kirchenchor gegründet werden. Seit 1951 wurden die Gottesdienste durch einen Bläserchor umrahmt.
Seit dem Jahre 1931 ist die Kirchengemeinde Fluorn selbständig. Ihr erster Vorsteher war der damalige Priester Grözinger aus Dornhan. Er wurde 1935 von Priester Jakob Maser aus Fluorn abgelöst. Zu dieser Zeit zählte die Kirchengemeinde 25 Mitglieder.
Bis zum Jahre 1953 wuchs die Gemeinde auf 98 Mitglieder an. In der Kapfstraße wurde es zu eng. Deshalb wurde "Auf dem Schloß" mit viel Eigenleistung ein Kirchenlokal erstellt. Die Kirche wurde am 22.12.1954 durch Bischof Ernst Sickeler eingeweiht doch schon 1956 wurde sie durch einen Brand teilweise zerstört.
Vorsteher Jakob Maser wurde 1969 in den Ruhestand gesetzt. Sein Nachfolger wurde Hirte Georg Reiser aus Dornhan. Noch im selben Jahr wurde das Kirchengebäude erweitert und renoviert. In dieser Zeit fanden die Gottesdienste in der Fluorner Hauptschule statt.
1988 wurde der Vorsteher Hirte Georg Reiser in den Ruhestand gesetzt. Seine Aufgaben übernahm Priester Hugo Maser aus Fluorn.
Im Jahre 1995 wurde die Kirche von Grund auf renoviert. Dabei entstanden auch eigene Räumlichkeiten für Kinder und die Jugend. In dieser Zeit fanden die Gottesdienste wieder in der Fluorner Grund- und Hauptschule statt. Der Wiederbezug am 17. März 1996 wurde mit einem Festgottesdienst durch Apostel Wolfgang Bott gefeiert.
Am 19. April 2001 wurde der Vorsteher Priester Hugo Maser in den Ruhestand gesetzt. Sein Nachfolger wurde Priester Rainer Möws aus Fluorn.
Am Sonntag, 22. Oktober 2006 feierte die Kirchengemeinde ihr 75-jähriges Gemeindejubiläum.
Als Bezirksapostel Michael Ehrich am Mittwoch, 28. März 2012 einen Festgottesdienst in der Gemeinde Schramberg durchführte, wurde Priester Rainer Möws aus gesundheitlichen Gründen in den vorzeitigen Ruhestand verabschiedet. Als neuer Gemeindevorsteher wurde Priester Jürgen Armbruster aus Rötenberg eingesetzt.